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熒光定量PCR儀在檢測時,如何判斷擴增曲線的可靠性?
作者: 蘇州阿爾法生物 編輯: 熒光定量PCR儀 來源: 實驗室設(shè)備選購 發(fā)布日期: 2025.03.21
信息摘要:
熒光定量 PCR 技術(shù)是一種高度靈敏且準確的核酸定量檢測方法,而擴增曲線的可靠性對于準確判斷檢測結(jié)果比較重要。

熒光定量 PCR 技術(shù)是一種高度靈敏且準確的核酸定量檢測方法,而擴增曲線的可靠性對于準確判斷檢測結(jié)果比較重要。以下將詳細介紹在使用熒光定量 PCR 儀檢測時,判斷擴增曲線可靠性的方法。

一、觀察擴增曲線的形狀

正常的 S 型曲線:理想的擴增曲線應(yīng)呈現(xiàn)典型的 S 型。在 PCR 反應(yīng)的起始階段,由于模板量較少,熒光信號增長緩慢,此為基線期。隨著反應(yīng)的進行,模板被指數(shù)級擴增,熒光信號迅速上升,形成指數(shù)增長期。當反應(yīng)進入平臺期,由于底物耗盡等原因,熒光信號不再明顯增加。若擴增曲線呈現(xiàn)出清晰的 S 型,說明 PCR 反應(yīng)正常進行,結(jié)果較為可靠。

例如,在一些研究中,如 Reference 1 中對發(fā)酵乳中雙歧桿菌的檢測,通過觀察擴增曲線的形狀,可以初步判斷 DNA 提取方法和 PCR 擴增效率。當酶解法提取發(fā)酵乳中總 DNA 時,擴增曲線呈現(xiàn)出較好的 S 型,說明該方法提取的 DNA 質(zhì)量較高,有利于后續(xù)的 PCR 反應(yīng)。

異常曲線的判斷:

S 型曲線:如果擴增曲線不是 S 型,可能存在問題。例如,曲線呈現(xiàn)一直線,說明沒有發(fā)生 PCR 擴增;曲線呈現(xiàn)不規(guī)則形狀,可能是由于反應(yīng)體系不穩(wěn)定、儀器故障或樣本污染等原因引起。

平臺期異常:如果平臺期過高或過低,可能意味著反應(yīng)體系存在問題。平臺期過高可能是由于模板量過多、引物二聚體形成或非特異性擴增等原因;平臺期過低可能是由于模板量過少、反應(yīng)效率低下或熒光信號采集問題等原因。

二、分析擴增曲線的參數(shù)

閾值循環(huán)(Ct 值):Ct 值是指熒光信號達到設(shè)定閾值時所對應(yīng)的循環(huán)數(shù)。Ct 值的大小與模板起始量呈負相關(guān),即模板起始量越多,Ct 值越小。在相同的實驗條件下,Ct 值的重復性較好,可用于比較不同樣本中目標基因的相對含量。一般來說,Ct 值在一定范圍內(nèi)波動是正常的,但如果 Ct 值差異過大,可能說明實驗存在問題。

例如,Reference 6 中通過對標準曲線的相關(guān)參數(shù)和待檢測樣品的檢測結(jié)果的分析,判斷實驗室中兩臺不同型號的實時熒光定量 PCR 儀檢測結(jié)果的一致性。其中,Ct 值的穩(wěn)定性是重要的判斷依據(jù)之一。如果兩臺儀器對相同樣本的 Ct 值差異沒有統(tǒng)計學意義(P0.05),則說明檢測結(jié)果可靠。

擴增效率:擴增效率反映了 PCR 反應(yīng)的效率。理想情況下,擴增效率應(yīng)在 90% - 110% 之間。擴增效率可以通過標準曲線的斜率來計算。標準曲線是通過對一系列已知濃度的模板進行 PCR 反應(yīng),繪制熒光信號與模板濃度的對數(shù)之間的關(guān)系曲線。如果標準曲線的斜率在 -3.32 左右,說明擴增效率接近 100%。

例如,Reference 4 中在建立肉制品中羊源性成分的實時熒光 PCR 鑒別方法時,通過構(gòu)建標準曲線,計算擴增效率達 98.561%,符合《實時熒光定量國際化標準 - MIQE 指南》要求,說明該方法的可靠性較高。

標準曲線的相關(guān)參數(shù):

線性關(guān)系:標準曲線應(yīng)具有良好的線性關(guān)系,相關(guān)系數(shù)(R2)應(yīng)接近 1。如果 R2 值較低,說明熒光信號與模板濃度之間的線性關(guān)系不好,可能影響檢測結(jié)果的準確性。

靈敏度:標準曲線的靈敏度反映了檢測方法能夠檢測到的最低模板濃度。靈敏度越高,說明檢測方法能夠檢測到更低濃度的目標基因,檢測結(jié)果越可靠。

例如,Reference 7 中建立的實時熒光定量 PCR 檢測技術(shù)針對 Metschnikowia bicuspidata 的線粒體細胞色素 c 氧化酶亞基 VIACOX6A),標準曲線具有較高的相關(guān)系數(shù)(R2 = 0.996),檢測靈敏度低至 7.6×101 copies/μL,說明該方法具有較高的可靠性和靈敏度。

三、重復實驗

實驗重復性:為了判斷擴增曲線的可靠性,應(yīng)進行重復實驗。重復實驗可以在相同的實驗條件下,對同一批樣本進行多次檢測,觀察 Ct 值、擴增曲線形狀等參數(shù)的重復性。如果重復實驗的結(jié)果差異較小,說明實驗的可靠性較高。

例如,Reference 8 中建立的五重熒光定量 PCR 檢測四種瘧原蟲的方法,每個反應(yīng)做一式三份驗證重復性,三個復孔的變異系數(shù)在 0.17 - 4.96 之間,說明該方法具有較好的重復性。

不同儀器和試劑的驗證:可以使用不同的熒光定量 PCR 儀和試劑對同一批樣本進行檢測,比較擴增曲線和相關(guān)參數(shù)的一致性。如果不同儀器和試劑的檢測結(jié)果差異較小,說明檢測方法的可靠性較高。

四、結(jié)合其他方法進行驗證

熔解曲線分析:熔解曲線分析可以用于判斷 PCR 反應(yīng)的特異性。在 PCR 反應(yīng)結(jié)束后,通過逐漸升高溫度,使雙鏈 DNA 解鏈,熒光信號逐漸降低。如果 PCR 反應(yīng)產(chǎn)物特異性好,熔解曲線應(yīng)呈現(xiàn)單一的峰;如果存在非特異性擴增或引物二聚體,熔解曲線可能會出現(xiàn)多個峰。

例如,Reference 0 中在開發(fā)新的低成本、多重實時熒光檢測裝置 HDLRT-qPCR 時,通過進行測試,顯示實現(xiàn)了與市售設(shè)備相當?shù)奶荻葦U增和熔解曲線,良好的一致性表征了測試結(jié)果,說明該裝置的可靠性較高。

與其他檢測方法對比:可以將熒光定量 PCR 檢測結(jié)果與其他檢測方法,如傳統(tǒng)的 PCR 方法、測序方法等進行對比,驗證檢測結(jié)果的準確性。如果兩種方法的檢測結(jié)果一致,說明熒光定量 PCR 檢測結(jié)果可靠。

在使用熒光定量 PCR 儀檢測時,可以通過觀察擴增曲線的形狀、分析擴增曲線的參數(shù)、進行重復實驗以及結(jié)合其他方法進行驗證等方式,判斷擴增曲線的可靠性。這些方法可以相互補充,提高檢測結(jié)果的準確性和可靠性。

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